En el año 1560, Antonio de Santana (caballero venido de España), obtuvo la encomienda de Suta en el valle de Sequencipá (Boyacá), que lo autorizó para organizar y regir el destino socio-político de la región.

Antonio de Santana, solicitó al fraile dominico Andrés Jadraque una imagen de la Virgen María, para colocarla en la capilla de Suta. Fray Andrés, fue a Tunja y convino con Alonso de Narváez, que le pintara una copia de la imagen de la Virgen María. La pintura la hizo en un lienzo de algodón de 1,26 x 1,13 cm., tejido por los indios, utilizando mezcla de tierra de colores y zumo de yerbas y flores. Como en el lienzo sobraba espacio, Alonso pintó al lado derecho a San Antonio de Padua, fraile franciscano, por ser el nombre del encomendero; al lado izquierdo pintó a San Andrés, apóstol, por ser el nombre del fraile que lo agenciaba. El encomendero pagó por la pintura $ 20 pesos. La imagen fue colocada en la capilla pajiza de Suta, donde fray Andrés catequizaba a los indios de la región.

En 1574, la misión que habían iniciado los dominicos pasa al clero secular y fray Andrés Jadraque es enviado a otro convento. Al ausentarse fray Andrés de aquel lugar, pronto decayó el culto y la imagen quedó abandonada. Con el tiempo la capilla se deterioró, las goteras y el sol dañaron la imagen.

En 1576, el doctrinero Juan Alemán de Leguizamón, encontró el lienzo en tan mal estado, que nada representaba, lo retiró del altar y lo entregó al encomendero en presencia de su mujer, Catalina de Irlos. El lienzo fue a dar a una despensa de campo, donde estuvo mucho tiempo de una parte a otra, según el servicio doméstico a que se le aplicaba, entre otros el de secar trigo al sol, con lo cual se le causaron varias roturas.

En 1577, muerto Antonio de Santana, su mujer Catalina se retiró a la aldea de Chiquinquirá con su familia y llevó el lienzo como un objeto de servicio doméstico. Por esta época, Chiquinquirá era una aldea despoblada, muy pantanosa, cubierta de niebla. Los indios de esta región tenían un famoso templo en la laguna de Fúquene, a donde acudían a ofrecer sus  dones y sacrificios.

En 1585, María Ramos, esposa de Pedro de Santana, hermano de Antonio, llegó a Tunja en busca de su marido a quien encontró viviendo con otra mujer. Decepcionada, se vino a vivir con su cuñada Catalina de Irlos a la aldea de Chiquinquirá, donde encontró el lienzo abandonado. Al saber que en él habían pintado una imagen de la Virgen, lo recogió, lo arregló y lo colocó en alto, frente al cual hacia su acostumbrada oración: “¿Hasta cuándo, rosa del cielo, habéis de estar tan escondida? ¿Cuándo será el día en que os manifestéis y os dejéis ver al descubierto para que mis ojos se regalen de vuestra soberana hermosura, que llene de alegría mi alma?”.

Estas palabras las repetía María Ramos todos los días hasta que por fin fueron benignamente escuchadas. Fue así como el día viernes 26 de diciembre de 1586 a las nueve de la mañana, después de haber estado la devota más de dos horas en oración, se levantó de su asiento para salir de la capilla. En aquel instante pasaba por allí una india que venía de Muzo, llamada Isabel, con un niño llamado Miguel, de unos cuatro o cinco años. Al pasar frente a la puerta de la capilla dijo el niño a la mujer que lo llevaba: “¡Mire, mire! Miró la mujer hacia la capilla y vio que la imagen de Nuestra Señora estaba en el suelo, de pie, y despedía de sí una luz que llenaba de claridad toda la capilla. Llena de asombro dijo en alta voz a María Ramos, que iba saliendo del oratorio: “Mire, mire, Señora, que la Madre de Dios se ha bajado de su sitio, está en vuestro asiento y parece que se está quemando”. Miró María Ramos y admirada de ver tan estupendo prodigio, llena de asombro se dirigió llorando hacia el altar, se arrojó a los pies de la sagrada Imagen; con mucho temor puso los ojos en ella y vio cumplidos sus deseos, pues, estaba patente la imagen de la Madre de Dios en el sitio en que la piadosa María Ramos solía orar, con una hermosura sin igual y con unos colores muy vivos y despidiendo de sí grandes resplandores que bañaban de luz a los santos que tenía a los lados y llenaba de claridad toda la capilla. Tenía el rostro muy encendido. Toda la pintura estaba renovada completamente. Sin embargo quedaron en el lienzo, los agujeros que antes tenía.

Después de una hora, con mucho temor y reverencia alzaron el cuadro y lo colocaron en el lugar que estaba antes. El rostro de la Madre Santísima duró encendido todo aquel día; después, la imagen quedó tal como hoy se contempla.

La noticia del prodigio se propagó rápidamente por todos los lugares circunvecinos, cuyos moradores presurosos acudieron a ver la imagen renovada.

1587. Al saber la noticia, el doctrinero de Suta Juan de Figueredo, vino a la aldea de Chiquinquirá acompañado de Diego López, para hacer información jurídica de los hechos. El 10 de enero de 1587 recibieron declaraciones de los testigos. El presbítero Figueredo envió esta información al arzobispo de Santafé, Luis Zapata de Cárdenas.

1587. Como la imagen se renovó en una choza arruinada que no tenía puerta, el Padre Figueredo mandó llamar al cacique del lugar llamado Alonso y lo invitó a levantar allí una capilla decente para colocar la sagrada Imagen. Los indios empezaron a construir en el lote donado por Pedro Rivera, hijo de Antonio de Santana, una capilla de vara en tierra y pajiza, pocos metros más abajo de donde está hoy el templo. En cinco meses levantaron dicha capilla a donde se trasladó la Imagen. Detrás de la capilla hicieron una habitación para María Ramos, quien quedó al cuidado de la imagen.

1588. Al saber el Arzobispo de Santafé, Luis Zapata de Cárdenas, la extraordinaria devoción que había despertado entre los fieles, el 6 de enero de 1588 nombró jueces comisarios a los presbíteros Juan Rodríguez, Juan de Castellanos y Juan de Cañada, quienes levantaron el proceso, del 15 al 18 de enero ante el Notario de Tunja. Entre los testigos declararon los clérigos: Francisco Pérez, doctrinero del lugar, Juan Alemán Leguizamón, quien mandó a retirar la imagen de las ruinas de la capilla de Suta y Juan de Figueredo, quien era doctrinero de Suta cuando se renovó la sagrada Imagen.

1588. En marzo 19, el arzobispo erigió la Doctrina o parroquia indígena de Chiquinquirá, en función de la considerable y creciente afluencia de peregrinos, separando la feligresía de la doctrina de Suta, y nombra como doctrinero al presbítero Gonzalo Gallego.

En 1587, el Arzobispo de Santa Fe de Bogotá, don Fray Luis Zapata de Cárdenas, levantó información jurada de los milagros concedidos por la Santísima Virgen y dispuso que se edificara un templo a Nuestra Señora del Rosario de Chiquinquirá. En 1588 se dio principio a la obra; el 17 de agosto el arzobispo bendijo y colocó la primera piedra para el primer templo de Nuestra Señora, en terreno donado por Pedro de Rivera Santana, esposo de María Ramos y sobrino de Antonio de Santana. Este templo hecho de piedra y ladrillo, tenía 150 metros de largo y 38 metros de ancho. En dicho evento estuvo presente el Presidente del Reino, Antonio González.

1596. El Papa Clemente VIII concede indulgencia plenaria a quienes visiten devotamente la sagrada imagen de la Virgen María.

1633. Al visitar el Santuario el arzobispo Bernardino Almansa, se llenó de tristeza al encontrar la Sagrada Imagen muy descuidada. El 19 de septiembre de 1633, ordenó por Decreto que el templo de la Virgen de Chiquinquirá con su servicio se entregue a una comunidad religiosa para que se engrandezca el culto en el Santuario.

Al saber las disposiciones del arzobispo, los frailes dominicos pidieron se les diese la Imagen de la Virgen María con sus pertenencias, ofreciendo en permuta dos parroquias propias de la Orden dominicana, y se comprometían a fundar un convento en Chiquinquirá, para celebrar con mayor solemnidad el culto divino y conceder la salida de la Imagen, siempre que fuese necesario para remediar la peste y otras calamidades.

1633. El 8 de agosto, mientras los dominicos esperaban la resolución del Vice-Patrono Real, la imagen fue llevada a Tunja y de allí a Santafé, donde los fieles agradecidos por los favores recibidos de la Virgen, quisieron quedarse con la imagen para darle culto solemne en la Catedral Metropolitana; hicieron una colecta y empezaron a levantarle una capilla en una de las naves de la catedral.

1636. El arzobispo de Santafé, Fr. Cristóbal de Torres, de acuerdo con el Presidente del Nuevo Reino, don Sancho Girón, marqués de Sufraga, define entregar a la Comunidad Dominicana el Santuario y la doctrina de Chiquinquirá, en permuta por las parroquias de Gachetá y Siachoque. La permuta fue ratificada por el Presidente el 31 de marzo. El 19 de abril el Arzobispo ratificó el convenio y comisionó al doctrinero de Suta para su ejecución.

1634. El 6 de marzo, el Cabildo Metropolitano accedió a la solicitud hecha por los dominicos y ordena que se entregue la imagen de la Virgen con todos sus bienes y la doctrina a los frailes dominicos. El acuerdo lo firmaron: el Deán y Canónigos ante el Notario Alonso Rodríguez, a quien encargaron que hiciera relación de todo al Marqués de Sofraga, Presidente del Nuevo Reino, para que apruebe la permuta.

1636. Firmada la permuta, se envió al arzobispo la escritura junto con la solicitud de los dominicos, al Vice-patrono, Marqués de Sufraga, para que diera su consentimiento. Firmado el Contrato por el Vice-Patrono Real, Presidente del Nuevo Reino de Granada, don Sancho Girón, Marqués de Sofraga, el arzobispo de Santafé Fr. Cristóbal de Torres y el Cabildo metropolitano, fue llevado al Consejo Real de Su Majestad, y sobre él se erigió la Casa de Chiquinquirá, en Convento formal por Cédula Real de 10 de abril de 1558, con las licencias necesarias como luego lo declaró el propio Rey. El 30 de mayo, el cura de Susa, Diego de Sanabria, comisionado por el arzobispo, hizo entrega de todo lo mencionado en el Auto a fray Bartolomé Núñez, Vicario nombrado por fray Antonio de León, Vicario Provincial, quien tomó posesión del cuadro de la Virgen y cuanto le pertenecía, en nombre de la Orden dominicana, en presencia del presbítero Gabriel de Rivera Castellanos. En Chiquinquirá no existía sino el templo en construcción, junto al cual vivía el doctrinero y unas chozas donde se albergaban los peregrinos; no existía casa cural. El doctrinero Pbro. Gabriel Rivera vivía en un cuarto sobre la sacristía.

1760. Con el traslado de los indios, cesó la Doctrina y el arzobispo Araús erigió la Parroquia bajo el título y patrocinio de Ntra. Sra. de Chiquinquirá, como estaba en la Doctrina desde 1588.

1815. El tribuno del pueblo, José Acevedo y Gómez, acudió a los frailes dominicos solicitando apoyo para continuar la lucha libertadora. Los frailes le entregaron dinero y las joyas que habían donado los peregrinos a la Virgen, consistentes en collares, cadenas, cruces, cintos, rosario medallones, zarcillos y otros objetos de oro y esmeraldas.

1816. El 21 de abril, el general Manuel Serviez comandante de las fuerzas patriotas, sacó la Imagen en un cajón cubierto con toldas de campaña y la llevó para que protegiera a sus tropas que iban vía al Llano. Las tropas españolas lo alcanzaron en Cáqueza, lo atacaron el 9 de mayo, rescataron la Imagen y la devolvieron al Santuario el 3 de julio.

1821. El 2 de enero, Simón Bolívar visita el Santuario, en agradecimiento por la ayuda recibida en 1815 para el sostenimiento de sus tropas. En 1827 volvió y permaneció del 6 al 8 de septiembre. En 1928, junio 20, vino por última vez y postrado de rodillas ante la sagrada imagen de María, oró por largo rato.

1895. El 26 de diciembre, Fr. Rafael José Méndez, por inspiración de Fr. Vicente María Cornejo, lanzó en el sermón de la fiesta, la idea de pedir la coronación de la Sagrada Imagen.

1908. El 24 de diciembre, es consagrado el altar de mármol, de 12 metros de alto, de orden corintio, levantado sobre ocho columnas; coronado por tres ángeles tamaño natural. En la bóveda van siete figuras en relieve, simbólicas de los siete sacramentos y un arabesco central. Al frente en la parte alta del Camarín aparece el Monograma de María.

En 1908 el Provincial, Fray Vicente María Cornejo, y el Prior del Santuario, Fray José Ángel Lombana, con la recomendación de la Conferencia Episcopal, pidieron a la Santa Sede la coronación canónica de la Sagrada Imagen, petición que fue despachada favorablemente el 9 de enero de 1910 por el Capítulo de la Basílica Vaticana; San Pío X firmó el Decreto, el cual fue enviado al Ilustrísimo señor Maldonado Calvo, Obispo de la Diócesis de Tunja, quien dispuso la Coronación para el día 9 de julio de 1919, día consagrado por el clero colombiano para honrar a María, con la recitación de su Oficio.

Los Dominicos emprendieron la obra de recorrer en triunfante peregrinación con una copia del cuadro de nuestra Señora por Boyacá, Santander, Cundinamarca, Caldas, Huila, Tolima y Antioquia, como preparativos para dicha coronación.

El acto se llevó a cabo en la Plaza de Bolívar de la ciudad de Bogotá, el 9 de julio de 1919. En la ceremonia estuvieron presentes el Excelentísimo Señor Nuncio Apostólico Don Enrico Gasparri, varios obispos y el señor Presidente de la República Marco Fidel Suárez. Acabada la misa, el Provincial de los Dominicos, Fray José Ángel Lombana y los presbíteros Jenaro Jiménez y Eduardo Díaz, presentaron el venerable lienzo al señor Obispo de Tunja, Eduardo Maldonado, quien tomó las coronas y las puso en las cabezas del Niño y de la Virgen respectivamente, diciendo en voz brillante: “Así como hoy os coronamos en la tierra, así merezcamos ser coronados en el Cielo”. “Yo… pido humilde y respetuosamente a los Arzobispos y Obispos aquí congregados, que así como la República fue consagrada al Sacratísimo Corazón de Jesús, de la misma manera, se consagra solemne y públicamente, por voto nacional, a la Santísima Virgen, Reina de Colombia”.

1927. El 18 de agosto, el Papa Pío XI le dio al templo el título de Basílica Menor, ceremonia que se celebró el 9 de julio del 1928, a la cual asistió en Nuncio Apostólico Pablo Giobe, el Arzobispo Ismael Perdomo y el Presidente de la república, Miguel Abadía Méndez.

1944. El 9 de julio, colocan el Cetro a la Virgen María, como símbolo de realeza. Bajan el cuadro, lo colocan sobre el altar; el obispo de Tunja bendice el Cetro y lo colocó sobre el lienzo; el provincial, Fr. Alberto Ariza lo fija al cuadro.

1954. El 4 de diciembre, la imagen es llevada a Bogotá con motivo del Tercer Congreso Mariano. Pío XII pronunció un discurso alusivo a la Virgen de Chiquinquirá, con motivo del Congreso. El 8 de diciembre, el Presidente de la república, General Gustavo Rojas Pinilla condecoró la sagrada imagen, con la Cruz de  Boyacá en su máximo grado.

1960. El 3 de abril, el Papa Juan XXIII ofrendó el Cirio de la Purificación que envió con el Nuncio Mons. José Paupini, para que ardiera ante la Imagen de María implorando el éxito del Concilio Vaticano II.

1967. El 29 de julio, a las 5,30 a.m. un temblor dejó semidestruida la Basílica, el templo de la renovación y parte de la ciudad. La parte alta del frontis y las torres de la basílica quedaron en ruinas, lo mismo que el entejado central, el embovedado quedó agrietado, la cabeza de la estatua en piedra de Santo Domingo que estaba en la parte alta del frontis se vino a tierra. La Imagen fue sacada del templo al día siguiente y llevada al patio del convento de los frailes dominicos donde siguió recibiendo el culto que le tributan los peregrinos.

1969. El 9 de julio, reconstruida la basílica, la imagen es llevada del patio del convento dominicano hacia el atrio donde se celebró la eucaristía. Allí se leyó el mensaje del Papa Pablo VI, se hizo la consagración oficial de Colombia a la Virgen María. El obispo de Tunja y fray Alberto Madero, colocaron la Media Luna repujada en oro, a los pies de María, y la Imagen vuelve a ser colocada en su trono.

1977. El 26 de abril, Pablo VI erigió la Diócesis de Chiquinquirá, desmembrándola de la Arquidiócesis de Tunja. El 14 de junio el obispo Alberto Giraldo Jaramillo, tomó posesión de la Diócesis, ante el Nuncio Apostólico Eduardo Martínez Somalo.

1979. Inicia labores el Seminario menor.

1984. El 1 de septiembre, fue nombrado Obispo Mons. Álvaro Raúl Jarro Tobos.

1998. El 15 de marzo, lo remplazó Mons. Héctor Gutiérrez Pabón.

2004. El 5 de mayo, fue nombrado el actual Obispo, Mons. Luis Felipe Sánchez Aponte.

1983. Los frailes comunican a los obispos y al Gobierno nacional la idea de invitar al Papa con motivos del Cuarto Centenario de la renovación de la Imagen de María. El gobierno acogió la idea y por vía diplomática se hizo la invitación. En 1985, octubre, el Vaticano confirmó la visita de Juan Pablo II para el 3 de julio del 1986.

1986. El 9 de abril, por orden del Presidente de la República, Belisario Betancur, un grupo de expertos le hizo un examen radiológico al lienzo, para constatar su autenticidad y antigüedad. La Imagen fue llevada a media noche al hospital donde le tomaron varias radiografías y fotografías especiales. Hecho el examen la Imagen vuelve a la basílica a las 4,30 a.m. escoltada por tropas del Batallón Sucre.

El 30 de mayo de 1986, la Dra. María Cecilia Álvarez White entregó el resultado del examen hecho a la Imagen, los que revelaron: “que la pintura corresponde a 1562; que la Imagen presenta señales claras de que por ella corrió agua de las goteras que se presentaron en la capilla de Suta; que la pintura nunca ha sido retocada; que ésta es de regular calidad y que para pintarla utilizaron materiales de la época; que el lienzo está muy deteriorado y que la Imagen de María está muy borrosa debido al agua que corrió por ésta; que el alumbrado eléctrico ha causado daños en la pintura, que la conservación del cuadro es realmente prodigiosa”.

1986. El 3 de julio, Juan Pablo II, arribó en helicóptero a las instalaciones del Batallón Sucre a las 9:56 a.m. siguió en papamóvil hasta el parque, donde lo recibió el Presidente, Belisario Betancur, y sus ministros, los señores Obispos, el clero y cerca de 200 mil peregrinos en su mayoría campesinos. A las 10:00 a.m. celebró la Eucaristía en el templete. A las 12:45 p.m. se dirigió en papamóvil hacia la basílica y a la 1:05 p.m. consagró la nación a la Virgen María.